Il sito archeologico di Apollonia, ristretto in una fascia costiera larga qualche decina di metri, è quello che meglio di ogni altro consente di verficare ancora oggi la devastante portata del terremoto che nel 365 inflisse un colpo micidiale a tutte le città della Cirenaica e della Tripolitania. Nel caso di Apollonia sprofondarono almeno duecento metri di costa, con tutti gli edifici che vi si trovavano e che sorgevano attorno a due baie naturali.
Per questo motivo, nonostante la fondazione della città risalga al VII secolo prima di Cristo, gli edifici sopravvissuti e di cui oggi emergono i resti appartengono quasi tutti al periodo bizantino, nel corso del quale Apollonia ospitò il governatore della Cirenaica e divenne famosa per le sue cinque basiliche. L'abbandono del sito avvenne per gradi nel corso del medio evo.